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碳源 好氧条件下，污水中聚磷菌对磷的吸收，以聚磷的形式贮存在微生物细胞内，以聚磷酸高能键的形式捕积存储能量，将磷酸盐从废水转化到污泥中从而去除水中磷酸盐。另一方面微生物合成新ATP，细胞和存储细胞内糖，产生富磷污泥。 碳源 生物除磷系统的循环中活性污泥在好氧吸附的磷大于厌氧释放的磷，即好氧池形成富磷污泥，好氧池的剩余污泥排放即可将水中的磷排出系统外，完成除磷过程。 碳源 生物除磷中挥发性脂肪酸（VFAs）的原料供给就是由碳源提供，不管此碳源是从原水带来还是额外补充。工程应用中，碳磷比大于20倍作为评价生物除磷的重要条件。
碳源 现代研究认为碳氮比小于10，异养细菌优先利用有机氮，养殖水体氨氮增加，如果碳氮比大于10异养细菌可同时利用有机氮和无机氮，消耗铵态氮。异养细菌数量的增加，有利于形成生物絮团，其中包括细菌，藻类，有机物，原生动物，浮游动物等。在适合的碳氮比及溶解氧情况下，不需要额外添加异养细菌，细菌就会自行繁殖生长，达到控制水体环境的目的。一般认为水产养殖中合适的碳氮比水平在10-15:1，越是使用饲料蛋白高的饲料，水体中也就越缺乏碳源，所以适时适量补充碳源尤为重要。
碳源-玉米淀粉及其水解液是抗生素、氨基酸、核昔酸、酶制剂等发酵中常用的碳源。马铃薯、小麦、燕麦淀粉等用于有机酸、醇等生产中。液化淀粉可被微生物产生的胞外淀粉酶和糖化酶逐步分解成葡萄糖，被菌体吸收利用。 根据微生物利用碳源速度的快慢，可将碳源分为速效碳源（readily metabolized carbon source），如葡萄糖、燕糖；迟效碳源（gradually metabolized carbon source），如乳糖、淀粉。葡萄糖等易被菌体迅速利用的糖类对许多产物合成有反馈调节作用，应注意控制其浓度，或与被菌体缓慢利用的多糖组成混合碳源，有利于目标产物的合成。如青霉素发酵中，葡萄糖能阻過青霉素的合成，而乳糖对青霉素的合成几乎无阻過作用。如果采用成本较低的葡萄糖作为青霉素合成的碳源，需采用流加等控制方式。
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