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微生物除臭剂虽然生物脱臭具有传统方法不可比拟的优越性和性，应用前景相当广阔，但是微生物除臭技术仍有许多亟需解决的问题：4.1 混菌除臭工艺有待优化根据不同类型的恶臭气体针对性使用相应的除臭微生物一般能够起到的除臭效果，然而无论是通过生物途径还是非生物途径产生的恶臭气体均多为多种恶臭物质的混合物，因此生物除臭装置或微生物除臭剂中的微生物群均由多种除臭微生物构成。微生物群构成虽基本能按照各类型菌株生理特性、新陈代谢特性进行组合，然而仍存在部分协同作用强，但因生理特性差异较大而难以协调生长，从而使得混菌体系不能实现除臭效果。优良除臭菌株的筛选与驯化以及不同类型除臭菌株协同效应、机制的研究将有利于该问题的解决。4.1 高浓度恶臭气体物质的对微生物的毒害问题高浓度条件下的恶臭气体或通过改变溶液中的pH，或直接对微生物产生毒害作用，从而降低微生物除臭剂的作用效果。如高浓度甲醛废水不适合用生物法处理。因此，对高浓度恶臭气体耐受性高的菌株筛选、能自动调节pH和温度等反应参数的除臭装置发明使用将是解决这一问题的关键。4.3 生物除臭反应器的优化现有生物除臭反应器，如生物滤床法、活性污泥法等虽在操作工艺、运营成本上占有优势，但存在占地面积大的缺点，反应器的小型化以及主装置和各辅助装置的一体化是解决这一问题的关键。同时，生物除臭反应器内应增加温度、pH、溶氧量、湿度、恶臭浓度等检测传感器，实现更高程度的专业化和自动化，在实现对恶臭气体更彻底的净化的同时，也起到解放人力，降低营运成本的作用。
微生物除臭剂传统生物脱氮脱氮工艺有短程消化-反硝化工艺、OLAND工艺（氧限制自养消化反硝化工艺）、CANON工艺（全程自养脱氮工艺）等。短程消化-反硝化工艺以及OLAND工艺均主要通过控制反应体系中的溶氧的含量的变化，从而实现前期亚硝酸盐的积累以及后期亚硝酸盐的转化，然而这两种工艺均不能使两类型反应细菌同时生长，且主要偏向于亚硝酸盐的积累，因此在效率、经营成本方面欠缺优势。CANON工艺虽一定程度满足两类型细菌的同时生长，但存在氨氮浓度阈值低，控制困难等问题。现今，伴随异养硝化细菌，如Pseudomonas .（假单胞菌属）、Alcaligenes faecalis（粪产碱杆菌）等和好氧反硝化细菌 Bacillus subtilis（枯草芽孢杆菌）、Pseudomonas putida（恶臭假单胞菌）等的发现，使得进行两类型反应的细菌在同一反应体系内同时生存成为可能，同时，众多异养硝化细菌同时具有好氧反硝化作用，如Paracoccus denitrificans GB17（脱氮副球菌）、Pseudomonas sp.（假单胞菌）等。这些新型功能菌株的发现为新的脱氮工艺的研发提供一定的理论基础。2.3 烃类恶臭气体的去除烃类恶臭气体包括脂肪烃和芳香烃。对于这一类的恶臭气体物质，Pseudomonas（假单胞菌属）、Achromobacter（无色杆菌属）、Corynebacterium（棒状杆菌属）和Candida（假丝酵母）等具有良好的降解作用。微生物通过以下两种途径应对部分烃类难溶甚至不溶于水的的特点：①疏水表面的形成。微生物通过菌毛或细胞壁外由脂类或蛋白构成的荚膜，使菌体形成疏水表面，从而随机地与水中的油滴附着。②生物乳化剂的分泌。部分微生物通过分泌具备乳化作用的糖脂、脂蛋白、糖蛋白等，使油滴乳化成许多细小颗粒，由此扩大不溶烃类在水中的表面积，利于微生物的附着。值得注意的是部分乳化剂还具有促进某些烃类物质降解的作用。
微生物除臭剂由光合菌,乳酸菌,酵母菌,醋酸菌,双歧杆菌,放线菌,芽孢杆菌5大类微生物中的10属80种有益微生物复合而成每毫升含有效活菌数≥10亿cfu。掺入饲料和饮水进入动物肠道后，与肠道内有益菌一起形成强有力的优势种群，抑制和消灭致病菌群，同时分泌与合成大量氨基酸、蛋白质、维生素、各种生化酶、抗生素、促生长因子等营养与激素类物质，以调整和提高畜禽机体各器官功能，提高饲料转化率，对畜禽产生免疫、营养、生长刺激等多种作用，达到防病治病、提高成活率、促进生长和繁殖、降低成本、粪尿臭味、净化环境、增产增收等明显效果。快速有效去除臭味异味，同时兼具驱灭蚊蝇，有效阻止养殖场所中病菌与疾病的传染，程度地清洁养殖空间，还养殖场一个优美的空间环境。1、有效清洁畜禽养殖业的各种场所，对养殖场臭气中的三种病菌抑制率。2、去除粪便和污水所产生的氨气和硫化氢等有害气体的气味。3、减少畜禽的呼吸系统疾病，提高畜禽的养殖密度。4、迅速蚊蝇等害虫，减少化学抑虫剂在养殖场的使用量。5、提高饲料的利用率和转化率并缩短育肥时间。6、减少有害物质在畜禽内的残留量，提高肉、蛋、奶的质量。7、除氨抑菌剂能降低禽畜死亡率70％具体用法畜禽粪便的除臭分两种途径：类是以添加剂的形式加到饲料中，以增加饲料蛋白的消化吸收以及减少臭气排放；第二类是以控制畜禽排泄后粪便臭味为主要目的而采取的一些措施。具体用法是：1 ．将饲料发酵后饲喂畜禽。2 ．饲喂微生态除臭剂发酵饲料后，还应每周喂饮两次500 倍 微生态除臭剂稀释液，不喂 EM菌液发酵饲料的畜禽，应在水槽中加入 200-500倍微生态除臭剂稀释液，让畜禽每天自由饮用。3、 将地面原先的铺垫材料去除清扫后，用200 倍微生态除臭剂稀释液直接喷洒畜禽栏舍（上下左右均喷到），待干燥后，铺上新的铺垫材料，并喷施 微生态除臭剂稀释液，3 天喷一次，臭气减轻后逐渐降至7 天-10 天-15 天喷洒一次。恶臭味进一步减轻后，可用500-1000 倍 EM菌液稀释液1 个月喷洒一次。．用微生态除臭剂防治畜禽疫病。患病畜禽可全天饲饮100-200 倍稀释液；病重的可用 EM菌液直接灌服，每天2 次，牲畜每头每次20 -100 克 ，禽类每羽每栏舍清扫喷洒全程配套使用微生态除臭剂，效果。
微生物除臭剂烃类的降解途径根据同类的化学结构特点，主要可分为两部分：脂肪烃的降解途径和芳香烃的降解途径。无论是脂肪烃降解途径还是芳香烃降解途径，均通过微生物所生成的脱氢酶或是加氧酶以实现对烃类物质降解的快速催化。如能催化正烷烃为正烷烃的氢过氧化物的正烷烃氧化酶。2.4 含氧有机物恶臭气体的去除含氧有机物恶臭气体，如醛类、酚类化合物均易溶于水，而微生物对该类恶臭气体物质的去除原理与烃类恶臭气体物质的去除原理相似，均主要通过微生物生成的相关酶的催化降解作用。能够降解酚类化合物的微生物有Rhizobium（根瘤菌）、Fusarium（镰刀菌）、Candida（假丝酵母）等，常见的酚类污染物主要是苯酚、双酚A、壬基酚以及五氯酚。微生物通过加氧酶或脱氢酶，催化具有还原性的酚类污染物分解成CH4、CO2等无害终产物。如：苯酚首先经苯酚羟化酶降解为邻苯二酚，其后在邻苯二酚2,3—双加氧酶或1,2—双加氧酶作用下，经环裂解，形成三羧酸循环中间物。能够降解甲醛的微生物有Pseudomonas putida（恶臭假单胞菌）、P. Aeruginosa（铜绿假单胞菌）等。催化甲醛降解的关键酶是甲醛脱氢酶，其在谷胱甘肽以及NAD＋的辅助下，把进入细胞内的甲醛氧化为甲酸，其后甲酸在甲酸脱氢酶的作用下转化为CO2，由此实现对甲醛的去除。
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